FASTA to CSV: Converts a FASTA file into a CSV file containing accession IDs and sequences. CSV to FASTA: Converts a CSV file containing accession IDs and sequences back into FASTA format. -i or ...

塩基配列中に改行が入ったFASTAファイルを2行単位のFASTAファイルに変換するシェルスクリプトです。Linux環境で動きます。 アセンブルしたデータやオンラインデータベースからダウンロードしたFASTAファイルは、配列中に改行が入っていることがしばしばです。

生物情報の解析をしていると、NCBIで検索した遺伝子群の配列（mRNAやタンパク質）を一括で取得したいと思う場面がよくあります。 特に、「Send to → File」機能で得られる gene_result.txt のようなタブ区切りファイルから、自動的に配列を収集できたら便利です ...

Filter a FASTA file and output a subset of the records on STDOUT Usage: fasta-filter [OPTIONS] [FILE] Arguments: [FILE] Options: -p, --pattern <PATTERN> -x, --exclude -m, --min <MIN> -n, --max <MAX> ...